طبق ماده ۵ اساسنامه پژوهشکده حج و زیارت، «هیأت امنا» از جمله ارکان پژوهشکده است.
بر اساس ماده ۸همین اساسنامه ترکیب هیأت امنا به شرح زیر است:
۱- نماینده ولی فقیه در امور حج و زیارت (رئیس هیأت امنا)
۲- نماینده وزیر علوم، تحقیقات و فناوری
۳- رئیس پژوهشکده (دبیر هیأت امنا)
۴- دو تن از شخصیتهای علمی- فرهنگی کشور که نقش مؤثری در توسعه و پیشرفت پژوهشکده داشته باشند
۵- دو تا چهار تن از اعضای هیأت علمی دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی در مرتبه استادیاری و یا بالاتر و با پنج سال سابقه کار آموزشی و پژوهشی در دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و تحقیقاتی.