به منظور پاسخگويي متقن و علمي به شبهات وارده از سوي سلفيان و وهابيان بر باورهاي پيروان اهل بيت، تهيه و تدوين موسوعه رد شبهات در دستور كار پژوهشكده حج و زيارت قرار گرفته و اساسنامه، شيوهنامه و عناوين بيش از دويست شبهه تهيه گرديده است. با انجام اين پروژه، مجموعه مدوني در پاسخگويي به شبهات وهابيت فراهم خواهد آمد كه پاسخگوي نيازهاي محققان خواهد بود. اين پروژه در گروه كلام و معارف پژوهشكده در حال پيگيري و انجام است. به تازگي 12 عنوان از مقالات اين موسوعه به صورت تك نگاري منتشر شده است. عناوين اين مقالات عبارتند از:
آية المباهية - شيخ رافد التميمي
الامامة والعصمة في آية العهد - نوشته سيد جاسم الموسوي
البداء دراسة في مرويات الامامية و اقوال علمائهم - نوشته سيد جاسم الموسوي
حديث الثقلين - نوشته شيخ زكريا بركات درويش
حديث الرية - شيخ عصري الباني
حديث السفينة - نوشته شيخ الحكمة الرحمة
حديث الفئة الباغية - شيخ عصري الباني
رؤية الله تعالي - نوشته سيد جاسم الموسوي
الشفاعة في نظام التشريع - نوشته آيت الله سيدكمال الحيدري
صفات الله تعالي - نوشته سيد جاسم الموسوي
عبداله بن سبأ و اشكالية اختراعه لعقيدة اوصية - نوشته سيد جاسم الموسوي
العلم بالغيب - علاء الحسون
* با كليك روي عنوان هر كدام از مقالات، مي توان فايل pdf آن را دانلود كرد