شانزدهمین جلد از موسوعه رد شبهات به مبحث «امامت» اختصاص یافته است. در این جلد مسئله امامت و ولایت از زوایای پنجگانه (الهی بودن منصب امامت، ضرورت ایمان به ائمه (ع)، شرطیت ولایت برای قبولی اعمال، ولایت تکوینی و ولایت تشریعی ائمه (ع)) تبیین شده و شبهات آن بررسی شده است.