به دلیل اهیت جایگاه «سند» در پژوهشها، در سال 1397 واحدی تحت عنوان «واحد اسناد» در پژوهشکده حج و زیارت راهاندازی شد. جمع آوری، فهرستنویسی و نمایهزنی اسناد حج و زیارت از جمله وظایف این واحد است. قریب به 5000 عنوان سند تا آبان ماه 1400 در این واحد فهرستنویسی و نمایهزنی شده است.
این مجموعه شامل 24 سند از این اسناد است که مربوط به دوران قاجاری تا پهلوی است. عناوین و موضوعات برخی از اسناد به شرح زیر است:
توصیهنامه محمد شاه قاجار برای میرزا محمد نواب در سفر حج سال 1264ق.
نیابتنامه انجام اعمال حج در سال 1278ق.
درباره امنیت راه جبل جهت عزیمت حجاج و تقاضای اجازه دولت
نمونه گذرنامه حج دوران قاجار
دستور ناصرالدین شاه درباره رعایت حال حجاج و عدم استفده از راه جبل
ممانعت دولت عثمانی از سفر حج به دلیل شیوع طاعون
پرداخت حقوق خادمان حرم ائمه بقیع
اعتراض علمای کاظمین درباره تخریب بقیع
اعلامیه دولت سعودی درباره تخفیف مالیات حجاج