شهرت محمد بن حنفیه، مانع از تطویل و درازگویی دربارة اوست. از آنجا که تاریخ درگذشت محمد حنفیه در سال ۸۱ قمری است و در آن هنگام ۶۵ سال داشت، به دست میآید که او در سال ۱۶ قمری به دنیا آمده است (ابن سعد، 1215ق، ج۵، ص۸۷)
در رجال کشی از حضرت علی (علیه السلام) نقل شده که چهار محمد، مانع نافرمانی خدا میشوند؛ این چهار محمد عبارتاند از: محمد بن جعفر طیار، محمد بن ابیبکر، محمد بن حنفیه و محمد بن ابیحذیفه (کشی، 1439ق، ج۱، ص۲۸۶) مامقانی با اشاره به این حدیث، عدالت و پاکی محمد بن حنفیه را اثبات میکند (مامقانی، 1351ش، ج۳، ص۱۱۱)
وی در نبردهای حکومت امیرمؤمنان، نقش فعالی در یاری آن حضرت داشت (ابن شهرآشوب، 1376ق، ج۳، ص۱۶۸؛ حمیری، ص۲۷)
شیخ طوسی از کشی از امام باقر (علیه السلام) نقل کرده است: «در بیماری محمدبن حنفیه من در کنارش بودم و چشم او را بستم و غسلش دادم و کفنش کردم و نماز بر او خواندم
و او را [در بقیع] به خاک سپردم» (کشی، ص۳۱۵) البته در گزارشی از منابع غیر شیعی آمده است که ابان بن عثمان (پسر خلیفه سوم) بر وی نماز خواند (مزی، ج۱۰، ص۲۸۵)
در محل دفن محمد بن حنفیه اختلاف است؛ سیدمحسن امین به سه مکان اشاره میکند: ایلِه، طائف و مدینه در قبرستان بقیع (امین، ج۱۴، ص۲۷۰) ولی مسلم است که وی در مدینه وفات یافته و در بقیع دفن شده است (مزی، ج۱۰، ص۲۸۵؛ مدرسی، 1359ش، ج۷، ص۴۸۴)