سیدحسین در سال 1300قمری به حج رفت. در بازگشت از حج و در حال عزيمت به مدينه، به قصد زيارت قبر پيامبر (صلی الله علیه و آله) در جايي به نام بئر درويش چادر زد و شب را به روز آورد. شبهنگام چون از خيمه بيرون رفت، يکي از اعراب که دشمني سختي با شيعيان داشت، با کوبيدن عمودي بر سرش او را به قتل رساند (امینی، 1393ق، ص331-332؛ سیدجوادی، 1377ش، ج2، ص88-89) در گزارش صاحب اعيان الشيعه، تنها به بيرون رفتن شبانه بهبهاني براي قضاي حاجت و کشته شدنش به دست يکي از دزدان عرب، بدون اشاره به تمايلات ضد شيعي قاتل، اشاره شده است (محسن امین، 1403ق، ج5، ص413) در گزارشي ديگر، کشته شدن بهبهاني در زمان نشستن و استراحت او دانسته شده است. پيکر بهبهاني به مدينه منتقل، و در جوار امامان بقيع دفن شد (محسن امین، 1403ق، ج5، ص413) سيدحسين بهبهاني آثاري در فقه و اصول و تفسير نگاشت (سیدجوادی، 1377ش، ج2، ص88؛ محسن امین، 1403ق، ج5، ص413) اين آثار بعدها در سال 1344قمری و در هجوم يکي از اميران دولت عثماني به خانه فرزندش سيدکاظم (م.1345ق.) در آتش سوخت و از ميان رفت (محسن امین، 1403ق، ج5، ص413)